Отличия между двумя рассматриваемыми здесь видами программирования имеют большое значение и с точки зрения безопасности. В автономной настольной прикладной программе все возможные команды, как правило, определены заранее. Они чаще всего выбираются щелчком кнопкой мыши из списка или меню. Даже если команды набираются вручную, они обычно проверяются на достоверность по заранее составленному списку возможных команд, и если команда окажется недостоверной, появится сообщение об ошибке.